脈沖場凝膠電泳是近年發展起來的分離效果較好的DNA分離方法，可以有效分離50kb甚至10Mb的DNA大片段。因此脈沖電泳儀已經成為DNA分離的主要儀器。脈沖電泳儀的使用條件對DNA分離速度與效果有很大影響，主要包括以下幾點：
1.電泳緩沖液
在脈沖電泳時常使用的電泳緩沖液有三種，不同緩沖液的離子強度不同，電泳速度也不同。
2.瓊脂糖種類及濃度
瓊脂糖種類對脈沖場電泳雖然影響不是甚大,但也有一定程度影響。低電滲(EEO)的瓊脂糖使電泳速度加快。有條件的情況下，使用超純瓊脂糖可產生較好的分離效果。凝膠的濃度太低，使泳動速度加快，不利于較小或中等長度DNA片段的分離。膠的濃度太大，則影響大分子DNA的分離。因此要根據具體情況，選用不同濃度的膠。在一-般情況下，常采用的凝膠濃度為1～1.4%。
3.電壓
6～10伏特/cm的電壓梯度常可使幾十kb到1000kb的DNA片段得到有效分離。如果想分離更長的DNA片段，則應適當降低電壓梯度。
4.變換電場方向的時間間隔
開關(即變換電場方向)的時間間隔對電泳效果影響較大。DNA在泳動過程中再定向所需的時間和DNA的大小呈正相關，因此較大的DNA分子需要較長的開關時間間隔。在確定了開關時間間隔的情況下，小于一定尺寸的DNA分子能夠隨著電場方向的變化再定向并在新電場影響下泳動，而大于一定尺寸的DNA分子在再定向尚未完成時便發生了開關的再次變化，因此不能泳動和得到有效分離。
5.溫度
電泳時通過循環裝置使緩沖液保持恒定是重要的。溫度的高低對電泳速度也有重要影響。
